孔子的先人可以一直上溯到华夏民族的始祖黄帝，这是为历次编修的《孔子世家谱》所证明了的。据《史记•孔子世家》记载，孔子临死前七日，因梦见自己“坐奠两柱之间”，故而对子贡说自己是殷商后人。事实的确如此。“孔”字原不作为姓氏使用，孔子本姓“子”氏，为殷商苗裔。史籍记载，黄帝生有二十五子，其中得姓者有十四人，共十二姓。有名玄嚣者，为黄帝正妃嫘祖所生，得姓“已”氏，他就是“少昊金天氏”。玄嚣之子名蟜极，蟜极生帝喾，继颛顼而有天下，史称“高辛氏”。帝喾之子名契，辅佐大禹治水有功，帝喾命他为司徒，敷“五教”，封于“商”，赐姓“子”氏，成为殷商的始封祖。黄帝距孔子四十七世，契距孔子四十三世。这说明，孔姓拥有高贵的血统。根据《孔子家谱·序跋宗图》里的详细记述，孔子祖先系统治中原六百年之久的殷商王族。

周灭商后，周武王封商纣王的庶兄，商朝忠正的名臣微子启于宋。微子，名启，《史记·宋微子世家》因避汉景帝刘启之讳，而写成微子开，周代宋国的始祖。孔子先祖为宋国贵族，第一个可考的人便是微子。故孔氏家族的史典谱牒中，追述先代世系，均把微子列入其中。如《孔子家语》云：“孔子，宋微子之后。”

微子启是殷纣王的同母庶兄，其母原是商王帝乙之妾，生下微子启、微仲衍以后，才被立为后，不久又生了受辛。依吉制，受辛应为嫡子，其二兄均为庶子。因此帝乙死后再议继位时，便立了受辛。当时人们称他为帝辛。他就是历史上著名的暴君殷纣王。纣王在历史上向来以暴虐著称，“酒池肉林”“炮烙之刑”等惨绝人寰之举，彻底动摇了经营几千年的殷商王朝的根基。

微子启见纣王的行径残酷，政治黑暗衰败，深为焦虑，曾多次劝说纣，希望他改邪归正，但纣不但不听，还大发雷霆，要把他贬为奴隶。微子启知道纣王已经不可救药，想想国势日益衰败，亡国之危就在眼前，自己身为殷王子嗣，却不知道怎么办才好，情急之下，他于是去找贤臣父师箕子和少师比干商议。

关于这次商议的情况，被记录在《尚书·微子》中。商议之中，微子列举社会中存在的各种乱象，对商王朝的现状表示忧心忡忡，父师深表认同，但也无能为力，为避免亡国导致绝祀，父师箕子建议微子启出逃。微子眼见殷商气数将尽，纣王暴虐必将灭亡，便毅然出走，隐居微地。

不久，周武王率诸侯兴兵伐纣，纣王急忙征发七十万奴隶为军，迎战于牧野。甲子日，两军列阵交锋，商军临阵倒戈，杀向独夫昏君纣王，纣王狂奔逃命，奔入朝歌城，逃避到鹿台之上。纣王登台四望，到处烽烟，知大势已去，死到临头，遂决计自杀。

微子启携带殷商祭器来到武王营前，光着膀子，系着手臂，左手牵着肥羊，右手拿着茅草，跪着挪进武王帐中。武王以微子贤，亲手释开微子启，将他仍封于微地，爵位与商时相同。

周初进行大分封时，根据周公旦“以商治商”的建议，将纣王之子武庚封到朝歌，留居朝歌统领殷民。然后又将自己的三个弟弟霍叔、蔡叔、管叔以协助的名义带兵驻扎周围对武庚进行监视，史称“三监”。但武庚仍保有野心，“三监”也没能起到应有的牵制作用，反倒是二者联合起来发动了对周王室的叛乱。周公率师平叛成功，杀了武庚，处理了“三监”，安定了东方。在此重大政治事件中，微子一直表现很好，周武王便把他命为宋国之君，以续殷祀。周初封的宋国和别的诸侯国不一样，虽是遗民之国却享有高度殊荣，风光不减，被封为当时最大的公爵，周王以宾之礼相待，宋君对周王不称臣，还准许其沿用殷时的祀乐。事见《史记·宋微子世家》。

就这样，孔氏家祖的祖先微子启成为宋国的第一代君主。他仁爱贤明，爱护百姓，善政明理，因此得到广泛的爱戴和拥护。微子启政绩卓著，名扬青史，被后人奉为殷之“三仁”。直至今日，在河南省商丘市，仍存有历经多次战火毁又复建的微子祠。